Столкнулся с проблемой - Git подгружает файлы PhpStorm из папки .idea в репозиторий, при этой в .gitignore папка .idea прописана. Проблема возникла из-за того, что я выполнил команду git add . перед тем как создал файл .gitignore. Решение:
git rm -rf --cached .
git add .