Я складирую сайты на локалке в папках domains/<название домена>/www.

Но наши скрипты не заперты в папке www, в PHP мы можем гулять по дереву каталогов выше. Поэтому, создаём файл domains/localhost/www/index.php со следующим содержимым:

flex: 0 0 100px;

Это короткая запись для:

flex-grow: 0;
flex-shrink: 0;
flex-basis: 100px;

apt-get install letsencrypt

Далее рекомендуется сделать бэкапы конфигов Nginx, в них будут автоматически внесены изменения. Если что-то пойдёт не так, конфиги можно будет откатить.
На официальном сайте letsencrypt рекомендуют бота Certbot. Он будет обновлять сертификаты для сайтов автоматически. Инструкции для Ubuntu 18.04 под Nginx:
https://certbot.eff.org/lets-encrypt/ubuntubionic-nginx.html
Чтобы посмотреть список доменов для сертификата: